Sonic, Tails, Knuckles og Amy sameinast gegn Shadow, Robotnik, Scratch, Grounder og Rouge, sem vilja ná valdi á hinum kröftugu óreiðugimsteinum. Andstæðingarnir keppast við að tryggja sér yfirráð yfir helgigripunum og örlög alls heimsins eru í óvissu á meðan.