Submarino segir frá tveimur bræðrum sem gengu í gegnum mikla erfiðleika á æskuárunum. Ungir að árum voru þeir skildir að í kjölfar mikils áfalls sem reið yfir fjölskylduna. Þegar þeir bræður hittast eftir langan aðskilnað er ljóst að einhvers konar uppgjör mun eiga sér stað. En uppgjör við hvað?