Naruto Shippūden (2007)

アシュラは元々後継者になるつもりはなかった。優秀な兄・インドラが当然後継者になると思っていたアシュラは、自分さえ居なければ兄が選ばれると考え戻らないつもりで旅に出る。しかし、たどり着いた先は謎の病気で苦しむ人たちが住む村。そこでアシュラは人々を助けようと病気の原因を探ろうとするのだが、村人から猛反発を受けてしまう。しかしアシュラはハゴロモの“問題を解決しろ”という言葉を思い出しある決意をする。

インドラは、ハゴロモの出した課題をすぐに解決し時経たずして戻ってきた。一方のアシュラは村がかかえる問題の解決に時間がかかり、旅立ってから一年が経とうとしているにも関わらずなかなか戻って来ない。誰もがインドラが後継者に相応しいと思う中、なかなか後継者を決めないハゴロモに弟子たちの動揺が広がるのだが、ついにアシュラが旅を終えて帰ってくる。そしてハゴロモは満を持して後継者の名を口にするのだった。

ある特別任務に挑むことになったナルト、サスケ、サクラ。初めはチームワークもバラバラでうまくいかない3人だったが、任務をこなすうちに意気投合するようになり、力を合わせ全力で任務の完遂を目指す。

異空間でのカグヤとの戦い。カグヤを封印するにはナルトとサスケが力を合わせる必要があるのだが、サスケだけが別の空間へと飛ばされてしまう。しかしカグヤの時空間を移動する能力が、カカシやオビトの瞳術“神威（かむい）”に似ていることを突き止めたオビトの作戦により、ナルト、サクラ、オビトの三人は他の五つの空間に繋がる始球空間（しきゅう　くうかん）へ入る事に成功する。そしてサクラとオビトは力を合わせ、サスケが飛ばされた空間を探し始める。

サクラと力を合わせ、異空間に飛ばされたサスケを見つけることに成功したオビト。必ずサスケを届けるとナルトと約束したオビトだったが、リンとの約束を守れなかった自分の生き様を思い出し、また同じことを繰り返してしまうという後悔の念を抱きながら力尽き気を失ってしまう。 一方、カグヤと壮絶な戦いを繰り広げるナルト。その戦いを見ながらカカシは、つけ入るスキすら見いだせずただただ自分の無力さに立ち尽くす。

ナルトをかばい、そしてカカシを守るためカグヤの「共殺の灰骨（ともごろし　の　はいこつ）」を受けるオビト。オビトを救おうとするナルトだが、六道（りくどう）の力を持ってしてもオビトに迫る死を止めることができない。無様に死ぬだけだとオビトをバカにする黒ゼツに怒りを露わにするナルトだが、罪人の自分には相応しい最期だとオビトは今までの過ちを思い出す。その中でオビトはかつて火影（ほかげ）を目指していた自分とナルトを重ね、ナルトに自分の思いを語り始める。

チャクラは二つの世界を繋げる力。そうリンに語るオビトは死してもなお、カカシのためにチャクラの思念体となってカカシの精神世界に現れる。かつて上忍（じょうにん）祝いのプレゼントとして自分の左目の写輪眼（しゃりんがん）をカカシに託したオビト。そして今度はカカシが“六代目火影”になることを願ってオビトは、就任前のプレゼントとして万華鏡写輪眼（まんげきょうしゃりんがん）をカカシに託す。 かつて他国にその名を轟かせた“写輪眼のカカシ”ここに復活！！

第七班は力を合わせ、ついにカグヤの封印に成功する。カグヤに吸収されていた尾獣（びじゅう）たちも全員解放され、これで戦いは終わり世界を救うことができた。かに思われたが…黒ゼツだけは封印を逃れ、またも母を復活させるため逃げようとする。しかしナルトは黒ゼツの存在を見逃してはいなかった。黒ゼツは「お前など、オレの創った忍の歴史の一部」とナルトに言うのだが、ナルトは「忍の歴史はいろんな忍者の生き様と死に様だ！」と黒ゼツに怒りをぶつける。

カグヤとの戦いも終わり、残るは無限月読（むげんつくよみ）の術を解除することのみ。無限月読はナルトとサスケが力を合わせれば解除できる。のだが…サスケはその前に「この無限月読の中、今の五影（ごかげ）共を処刑する」と言い出す。サスケの目的は忍世界を一新する“革命”。そしてその目的を遂げるためにサスケはまずナルトを殺そうとするのだった。 かつて二人が激突した場所で、ついにナルトとサスケの最終決戦が始まる…！！

犯罪者として全ての罪と憎しみを背負った忍・うちはイタチ。そして、里を影から守ろうとしたイタチこそが本当の火影だと言うサスケ。一方、穢土転生体のイタチに、全てを1人で背負わないよう言われたナルトだが…。

もはや一流の忍と呼べるまでの実力を得たナルトとサスケは、拳を交えただけで互いの想いを理解できるようになった。だがサスケは、ナルトの想いを理解してもなお、ナルトを斬らなければならないと言い切った。

互いの渾身の術をぶつけ合い、激しい巨大な光のエネルギーに包まれるナルトとサスケ。そして二人が気が付くと目の前には、子供の頃過ごした光景が広がっていた。ここは精神世界なのか、それとも死後の世界なのか――。 ナルトは九尾を封印されたことにより、そしてサスケはうちは一族惨殺事件によって木ノ葉隠れの里の者たちから忌み嫌われていた。似たような過去を持つ二人の意識が次第に交錯し、ナルトとサスケは互いの想いを語り始める。

「火影を超す！んでもって、里の奴ら全員にオレの存在を認めさせてやるんだ！」その言葉の通り自分の忍道を貫き続けたナルトは今や、誰からも認められる忍へと成長し、世界を救い英雄となった。そんなナルトがこれから歩む道とは…？　さらに忍世界の行く末はどうなるのか!? 皆の心の中を、まさに疾風のごとく駆け抜けていったうずまきナルトの物語。

かつて木ノ葉隠れの里を襲った九尾が体に封印されているナルトは、里の者たちから忌み嫌われていた。そのため、ひとりぼっちのナルトはよく森の中で修行に励んでいたが、そこにある人物が現れる。

幼少時代のサスケは、兄のイタチに構ってほしくて仕方がなかった。そんなある日、父のフガクと母のミコトが一日家を留守にすることとなった。サスケとイタチはふたりきりで過ごすことになるが…。

誕生と同時に母を失い、体の中に尾獣を宿した我愛羅は、里の者たちから気味悪がられていた。そんな我愛羅を夜叉丸が世話をする。一方、何でもかんでも「めんどくせー」で片付けるシカマルはチョウジと親友だった。

子供の頃からスケベだった自来也。そんな彼の風呂場覗きや、綱手の気を引く作戦に大蛇丸は振り回されてしまう。一方、忍としての実力がずば抜けているカカシは、父・サクモが死んでから1人で暮らしていた。

ナルトとサスケが終末の谷で激突し、その後、第4次忍界大戦は終結。サスケは過去に犯した罪を償うため木ノ葉隠れの里に帰ることなくひとり旅を続けている。そんななか、木ノ葉隠れの里である事件が勃発する。

突然、木ノ葉隠れの里を襲った謎の起爆人間。里から遠い地である、サスケが訪れた村にも起爆人間が現れ、罪のない村の人々が次々と爆発してしまう。この事件の真相を暴くため、サスケは里には戻らず調査を始める。

大蛇丸の導きで闘技場にやってきたサスケは、事件の手掛かりを知るという御屋城エンをおびき出すため、御屋城の手札と対決を迫られる。しかし、そこにも起爆人間が現れサスケを襲い、試合は中断となるが…。

ついに風心（フウシン）の正体を突き止めたサスケは、事件の全貌を聞き出すため風心と戦い、追い詰めていく。風心の記憶を写輪眼で覗き見ようとしたその瞬間、またもや巨大な赤眼（せきがん）の幻術トラップが襲いかかりサスケは気を失ってしまう。目が覚めるとそこには誰もおらず、命からがら逃げたと思われる風心の足跡が雪の上に残っていた。それを辿ってゆき真っ赤な池が煮立ち湯気を上げる、到底人が住めるとは思えない“地獄谷（じごくだに）”へとサスケは辿り着く。

起爆人間から始まったこの事件。調査を始めたサスケは数々の難局を乗り越え、ついに真実にたどり着く。「起爆人間」、「血龍眼」、「地獄谷」、「血之池一族」、うちは一族がひとつとなり、全ての謎が明らかになる。

第四次忍界大戦から二年。「めんどくせー」が口癖であるシカマルは今や、木ノ葉隠れの里、そして忍連合においても責任ある立場となり重要な仕事を任せられていた。仕事に忙殺される日々が続き、いつしか雲を見ることすら忘れ自分らしさを失っていくシカマル。そしてある日、忍が大量失踪する事件が勃発し、シカマルは自分らしさからは程遠い“暗殺任務”へと赴くことになる。

大戦での失踪者や抜け忍が大量に流れ込んでいる黙(しじま)の国。そこに潜入したサイから不穏な報せが届き、シカマルは現状を探るため暗部である鏃(ソク)と朧(ロウ)と共に、黙の国を目指す。しかし三人の前には厳重な警備下に置かれた関所が立ちはだかり、容易に入ることができない。黙の国の内情と、サイの消息を探るためには関所を突破するしかなく、三人は力を合わせ潜入を試みるのだが…？

ゲンゴという男がいる俘囚城(ふしゅうじょう)はもう目の前だった。だが、ゲンゴは用心深く、シカマルたちは何一つ情報を得られていない。俘囚城の周辺を探ると、町は貧しいながらも色々な国の人間が集まっており、中でもとりわけ目立つのがゲンゴの意志に賛同した“革者(かくしゃ)”という者達。ゲンゴには人を惹きつける何かがあるのか…？そんな折、ゲンゴが演説をするということでシカマル達が会場に潜入してみると、そこには囚われたサイの姿があった。

ゲンゴの暗殺とサイの救出を試みたシカマルだが、失敗し囚われの身となってしまう。牢屋に閉じ込められた上、アスマのライターから何まで全て奪われ、まさに絶体絶命…。しかしシカマルは諦めず、持ち前の頭脳と知略を駆使し起死回生のチャンスをうかがう。そしてその機会がようやく訪れた、と思われたその時――信頼していたはずの鏃と朧が、ゲンゴに志を植えつけられシカマルの前に立ちはだかる！

シカマルの絶体絶命のピンチに、いの、チョウジ、そしてテマリが援軍として駆けつける！心を奪われてしまった朧をチョウジが。鏃をテマリが。そしてサイの心を取り戻すためいのが、それぞれ激闘を繰り広げる。 一方、シカマルはゲンゴを追う。忍が生きやすい世界を作るという大儀の名のもとに、忍を集め、操り、戦争を起こす野望を持つゲンゴ。シカマルはゲンゴの野望を打ち砕き、平和を取り戻す事ができるのか!?最終決戦がついに始まる!!

ナルトとヒナタの結婚式が間近に迫るなか、6代目火影のカカシは悩んでいた。今は平和になったとはいえ、ナルトの友人たちは里の第一線で活躍している多忙の忍ばかり。結婚式に出席できない者が必ず出てしまうのだ。

ナルトとヒナタの結婚祝いを用意するという極秘任務。何を用意すれば2人が喜ぶのかとキバやチョウジら仲間たちが悩むなか、リーは「ナルトの気持ちになれば答えが見つかるはず」となぜか一楽に向かう。

ナルトとヒナタの結婚祝いを探すという極秘任務の魔の手はシカマルにも襲いかかる。頭の回転が早いシカマルだが、結婚祝いは何が良いか中々答えを出せない。そんな中、チョウジはすでにシカマルが納得する程の最高のお祝いを用意していた。シカマルは焦る。焦るあまり「現金がいいのでは…？」と間違った答えを出す始末。しかし、チョウジから“旅行”というヒントを得たシカマルは、女性の意見を聞くためテマリに相談をする。

影会談のため、木ノ葉隠れの里に集結する五影たち。オオノキや雷影（らいかげ）はナルトが結婚することを聞きつけており、すでに祝いの品を用意していた。しかしまだ用意をしていない我愛羅（ガアラ）は、結婚祝いなど選んだことがなく何が良いのかわからない。風影として盛大に祝えばいいと周りがアドバイスをしてくれるが、ビーの情報によれば雷影は“雲隠れの舞”を踊るらしい。これは我愛羅も踊りで対抗するしかないとカンクロウが言い出すのだが、果たして我愛羅は…？

シノとキバはまだ何を贈ればよいか決めていなかった。二人はヒナタと同じ第八班のメンバー。ヒナタは結婚という道を選び、キバは火影になるという目標に向かって突き進んでいる。しかしシノはまだ、これから先の事を何も決めていない。ヒナタが結婚するとなれば、これから一緒に行動することも少なくなり、この極秘任務が“第八班最後の任務”になる。前へ向かって進んで行く二人とは違い、何も決まらないままシノはこの最後の任務へと赴くが…。

ナルトの結婚式が間近に迫る中、仲間たちは着々と結婚祝いを用意しカカシから発令された極秘任務を達成していた。しかしまだ誰にも明かされていない極秘任務の真の目的は――祝いの品を見定めナルトとヒナタの結婚式に出席できる者を決める事。発令したものの、皆が一生懸命集めた品を見てカカシは「本当にこれでいいのだろうか…」と思い悩む。そんな中、極秘任務の真の目的を知ってしまったサクラやキバ達は怒り、カカシに詰め寄るのだった。

誰にも認められず孤独に過ごしていたナルト。しかし、イルカがナルトを認めた事で、ナルトの物語は始まった。イルカの言葉や存在が、今日までナルトを支えてきた。そんなナルトの結婚がもう間近に迫る中イルカは、自分がナルトにとってどういう存在なのかわからなくなり、結婚祝いの言葉に何と言っていいのか答えを出せずにいた。 果たしてイルカがナルトへ贈ったメッセージとは…？ 長きに渡り続いてきたNARUTO-ナルト-疾風伝、ここに完結!!

ナルトも合流し、下忍たちは傀儡に襲われた危機を脱した。下忍たちを見た仮面の男は、若い忍たちにも未来があると感じてその結果に満足し、上忍たちの解放を約束。男と共に一部始終を見ていたネジも解放された。

任務を終えたナルトたちは木ノ葉の里に戻ってきた。今回の活躍で下忍の仲間たちから力を認められ始めたナルトだが、サスケだけは認めようとはしない。ナルトと違い、父親に期待されていないサスケは発奮する。

常にイタチと比べられ、一向にフガクに認められないことにいら立ちを募らせるサスケ。そして、そんなフラストレーションをサスケはナルトにぶつけてしまい、ふたりは新術を撃ちあう喧嘩を始めてしまう。

3年後。サスケは木ノ葉警務部隊の副隊長となった。だが、警務部隊の乱暴な取り締まりに里の人々は不満を募らせ、うちは一族の印象は悪くなっていく。そこへ、自来也と共に修行の旅に出ていたナルトが帰ってきた。

大蛇丸から力を得るため里を抜けるサスケだが、それはサスケの肉体を乗っ取ろうとする大蛇丸のわなだった。サスケの危険を知り、ナルトとシカマルが追いかけるが、面を被った暗部の者たちが2人に襲いかかる。

大蛇丸にサスケの体を届けると約束したダンゾウが、それを邪魔するナルトを抹殺すべく刺客を送り込んだ。その危機にネジ、リー、テンテンが駆けつけ、ナルトをサスケのもとへ送り届けるため暗部たちに戦いを挑む。

ネジやリー、テンテンが懸命に「根」の者たちの足止めをしたおかげで、ナルトはサスケの目的地である塔にたどり着いた。だが、時すでに遅く、サスケは自身の体を次の器として狙う大蛇丸と対面していた。

大蛇丸と共に去ってしまったサスケ。しかしナルトは諦めず、絶対に連れ戻すと決意してシカマルたちと共に里へ戻る。一方、里では死んだはずの弥彦が、木ノ葉に裏切られた復讐のため「ペイン」と名乗って現れた。

ヒナタが殺されかけたことで怒り狂うナルトは、尾が6本生えた状態で九尾化して暴走を始める。その力は凄まじいものだが、ペインの放った地爆天星により封印されてしまった。ナルトは何とか封印を破ろうとするが…。

ペインの襲来から数カ月が過ぎ、木ノ葉隠れの里の復興は終わろうとしていた。そんな時、自来也は、「暁」が忍里を襲って影や上忍たちをさらい、さらにサスケが「暁」と行動を共にしているという情報をもたらす。

ナルトとサスケの最後の対決。サスケを連れ戻したいナルトだが、サスケはナルトへ殺気を露わにする。サスケはナルトを敵対視する理由、ナルトに対する思いがなぜ生まれたのかなどを、ナルトを攻撃しながら振り返る。

ナルトは師匠・自来也との修行の旅から3年ぶりに木ノ葉隠れの里に帰ってきた。帰りを待ちわびていた木ノ葉丸は、「新しい術を教えてくれ」とナルトに頼み込む。早速2人は、新術の修行を始める。

ナルトがどんどん強くなっていくなか、木ノ葉丸は「自分はナルトのライバルだ」と言い、闘志を燃やすナルトに勝つことを諦めず新術の修行に励む。ナルトが形態変化の修行に励めば、木ノ葉丸も己の修行に打ち込む。

ガイの命を懸けた八門遁甲の陣で、マダラは大きなダメージを負う。そこに、六道の力を手に入れて復活したナルトがやってきてマダラと戦闘を開始。戦いの最中、ナルトは新しい螺旋丸で神樹を切り倒すのだが…。

オビトの異空間からサクラが戻り、マダラと戦う戦場にはカカシが率いる第7班のメンバーが揃った。3人は昔と変わらず戦闘中だというのに口論を始め、その光景を見たカカシは第7班が初めて集まった時を思い出す。

無限月読とは、全人類に幻術をかけ、永遠に幸せな夢を見せ続ける最強の幻術だ。ついにマダラの手により無限月読が発動され、夜空に浮かぶ満月は妖しく輝き、不気味な写輪眼の紋様を浮かび上がらせた。

無限月読の発動で眠りに落ちたテンテン。目が覚めるとそこは木ノ葉隠れの里だった。里まで飛ばされ戸惑うテンテンだが、木ノ葉の仲間たちが現れた。そこにはなぜか死んだはずのネジもおり、みんなの様子がおかしい。

仲間たちの性格が正反対になっている世界に来たテンテン。おかしいのはみんななのに、自分が変だと言われてしまう。テンテンは幻術に長けた忍に会うため、抜け忍になる覚悟で木ノ葉の里を出ようと試みるが…。

無限月読にかかったキラービーが見る夢。そこは、尾獣の力を使って世界を変えようと目論む「暁」が暗躍する世界。その「暁」により尾獣の力を奪われ、ナルトたち人柱力は各地でとらわれの身となっていた。

「暁」が召喚した巨大兵器「十尾」。現在、この十尾を落風城の姫が封じているのだが、満月の夜にはその封印が解けてしまう。次の満月の夜までに人柱力全員を集め、姫を守ろうとするキラービーだったが…。

無限月読にかかった香燐が見る夢。うずまき一族として生まれた香燐は、かんだ相手を回復させるその特殊な能力故に辛い過去を生きてきた。里を追われ、草隠れの里でよそ者扱いを受けている香燐だったが…。

砂漠を行くキバ、ヒナタ、シノの前に草隠れの忍が現れる。キバたちが所有するのは天の書で、草隠れは地の書。お互い必要な巻物を奪うための壮絶な戦闘が始まるが、キバは巻物を奪われてしまった。

巻物を草隠れの忍たちに奪われてしまったキバたち。相手は逃げることに関してのエキスパート故に、キバたちでも足取りが掴めない。ゴールの塔は目前だが、このままでは草隠れの忍たちが先にゴールしてしまう。

夜の砂漠で食事の準備を始めるネジたち。そこでテンテンは、巻物からお好み焼きの材料を出現させた。リーは砂漠でお好み焼きが食べられることに感動する。翌日、ネジたちは雨隠れのアジサイチームと遭遇する。

魔の砂漠に古い遺跡があった。その遺跡が巻物を奪いあう戦闘で崩壊し、テンテンとアジサイの2人は遺跡の奥深くへと落ちて閉じ込められてしまう。そこで2人は、脱出するため一時休戦ということにする。

日差しの強い砂漠を歩くいの、サクラ、チョウジの3人だったが、数々の戦闘で水と食料を失い窮地に陥っていた。その原因をなすりつけあって喧嘩するいのとサクラ。そんな時、サクラが巨大なサソリに襲われてしまう。

オアシスを目指すいのたちの前に砂の忍のアメノ、シシオ、コウジが現れ襲いかかる。アメノはサクラの腕を凌ぐほどの医療忍術の使い手で、治療だけでなく、攻撃にも特化した術でサクラたちを苦しめる。

ゴールを目指して砂漠を行くサクラたち。連戦続きでチャクラを使い果たしたサクラは休憩を取ることにする。だがその時、目の前に砂隠れの忍が操る怪しげなお菊人形が現れ、サクラたちは敵の忍に見つかってしまう。

動けないサクラを守るように戦ういのとチョウジだが、2人も連戦続きのため体力とチャクラが底を尽きかける。何もできず守られているなか、サクラはかつてナルトとサスケに守られてばかりだった自分を思い出す。

5代目風影・我愛羅の命を狙う砂隠れの上忍・フギは、監督官として砂漠を監視する我愛羅の目を欺き、魔の砂漠に大規模な砂嵐を巻き起こす。この猛威により、受験者たちの安全を考慮して試験はいったん中断する。

マツリたちを救出しにいった我愛羅は、謎の法師に襲われ尾獣を縛るチャクラの鎖にとらわれる。砂隠れの里は我愛羅の消息が掴めず混乱する。フギの目的は、混乱に乗じて我愛羅の中にいる尾獣を引き抜くことだった。

砂漠で倒れていたマツリを偶然助けたことにより、ネジたちは我愛羅の危機を知って行動を起こす。その頃、我愛羅とフウは謎の法師・ホウイチが放った特殊な鎖によって、尾獣を抜かれる危機に瀕していた。

5代目風影暗殺の首謀者であるフギと我愛羅が対峙。我愛羅は、かつて里の人々を傷つけた自分には風影の資格はないのかもしれないとフギに語る一方、この砂隠れにも自分の思いを受け止めてくれた者がいるとも言う。

里を守るためマダラを倒し、柱間とマダラの戦いは終息した。そして里とは何か、忍とは何かを知るために話を聞いていたサスケに柱間は、忍とは「耐え忍ぶ者」だと言う。そんな柱間の意志を知ったサスケだが…。

ナルトが先陣に立つ忍連合軍と、オビト＆マダラの激戦が続く。ナルトのチャクラの衣に守られ、マダラや十尾の猛攻撃に耐える忍たちだが、ナルトの体力が底をつき、忍たちを覆っていたチャクラの衣が消えてしまう。

十尾が最終変化一歩手前まで変形し、特大の尾獣玉をため始める。忍たちにはそれを止める気力も力もないが、サクラやシカマルたちは諦めない。シカマルが策を練り、忍たちの力を合わせ尾獣玉を阻止しようとするが…。

ナルト、サスケ、サクラの3人が一堂に集結し、久々に第7班のメンバーが揃った。さらに穢土転生で蘇った歴代の火影たちも団結し、反撃を開始。結界で動きを封じられた十尾は無数の分裂体を出現させるのだが…。

かつて「伝説の三忍」とうたわれた自来也、綱手、大蛇丸を彷彿とさせるナルト、サクラ、サスケの3人が、巨大口寄せと共に堂々たる姿で戦場に現れた。サクラは回復役に専念し、ナルトとサスケが十尾に突撃する。

万華鏡写輪眼・神威の力によって移動した異空間で、カシとオビトが対峙する。昔のオビトならナルトと同じことを感じ、以前のオビトに戻れるとカカシは信じているが、オビトはそれを全否定する。

風の性質変化を会得するため、ナルトが木ノ葉隠れの里で修行をしていた頃。大勢の人が行き交う里の通りには人だかりができていた。だが、里の人たちが次々と何者かに吹っ飛ばされ、リーたちが駆けつけると…。

敵の狙いはナルトの身体に封印されている九尾だとわかり、里の仲間たちがナルトを守るべく決起。カカシやヤマトはもちろん、シカマルやネジたちが激闘を繰り広げ、さらには我愛羅とデイダラも参戦する。

ミナトにとどめを刺されたかと思われたオビトだが、十尾の巨体が全てオビトに吸収されていく。瀕死の重傷を負っていたはずのオビトは異様な姿に変貌し、十尾の人柱力となって復活を遂げるのだった。

十尾の人柱力として完全に自身を制御したオビト。そして冷静かつ冷酷に強力な攻撃を放ち、ナルトたちを絶体絶命の窮地に追い込む。一方、過去に因縁のある柱間とマダラは壮絶な戦いを繰り広げていた。

人柱力のオビトと対峙し、ミナトは後悔する。仮面の男が木ノ葉隠れを襲撃してきた時、すぐにオビトだと気づいていれば止めることができたかもしれず、クシナを死なせずに済んだかもしれないのだ。

ナルトにクシナの面影を見たミナト。そしてナルトとミナトの親子は力を合わせ、オビトに仙術攻撃を仕掛けた。次第に力を強めていくナルトに対し、オビトは無限月読のため十尾の最終形態「神樹」を出現させる。

十尾は最終形態の姿「神樹」となり、次々と忍たちを襲って多くの命を奪い、瀕死の重傷を負ったシカマルの命も尽きようとしていた。この窮状に「諦めるな」と柱間が語りかけるが、忍たちは絶望していた。

ナルトの過去の体験、想い、心が全ての忍の意識に流れ込み、忍たちの心をひとつにしていく。さらに、かつて柱間が思い描いた夢を知り、五影もついにその場に集結し、忍たちは再び希望と闘志を取り戻した。

ついにナルト＆サスケとオビトが決着をつけるべく対峙。ナルトとサスケは協力し、九喇嘛に須佐能乎の衣を着せて攻撃態勢に入る。一方、オビトは想いの強さを力にする六道仙人の神剣「ぬのぼこの剣」で迎え撃つ。

精神世界でオビトと対峙するナルト。オビトは自分のことを第二の六道仙人だと名乗るがナルトは認めず、「お前はうちはオビトだ」と言い放つ。そしてナルトはオビトのチャクラとリンクし、オビトの過去を垣間見た。

ナルトの言葉によってオビトは過去を思い出す。カカシとリンでチームを組んで中忍試験に参加したことや、カカシと喧嘩したこと、火影を目指し火影になることをリンに約束したことなどが、彼の脳裏をよぎる。

ナルトの説得で心が揺れ動くオビトだが、精神世界でかつての自分やリンの幻影が現れて翻弄される。一方、現実世界では全ての忍たちが力を合わせ、オビトから尾獣チャクラを引き抜くための綱引きが行われていた。

全ての尾獣が引き抜かれ、ついにかつての友であるカカシとオビトが対面し、オビトはある答えを出す。一方、復活した全ての尾獣たちと忍連合軍の忍たちは、最大の敵であるうちはマダラを止めるべく行動を起こす。

宗家と分家との間でひしめく「憎しみの運命」に縛られている日向一族。ヒナタの妹・ハナビは、宗家の跡取りとして奮闘する姉に憧れており、「強くて優しくて、格好いい姉さまのようになりたい」と思っていた。

姉のヒナタに代わって自分が跡取りとしてしっかりしなければとの思いから、ハナビは本心とは裏腹に厳しい修行を自身に課す。運命は変えられないという気持ちが強まるなか、木ノ葉隠れの里では中忍試験が開かれる。

十尾の人柱力となったオビトから尾獣を引いたナルトたち忍連合軍。残る敵はマダラだけとなり、決着をつけるためナルトは戦いを挑む。動けなくなってしまったオビトは、そんなナルトの姿に希望の光を見いだす。

オビトの術で生身の体を取り戻してしまったマダラの力は絶大だった。九体の尾獣を相手にしても引けを取らず、さらに自分の輪廻眼を取り戻したことによって外道魔像を口寄せし、全ての尾獣たちを鎖で拘束してしまう。

必死に抵抗するナルトだが九喇嘛を体から抜かれてしまい、ついに全ての尾獣が外道魔像の中にとらわれてしまった。そして、九喇嘛を引き抜かれたことによりナルトは気を失い、命の鼓動が徐々に弱まっていく。

「闇」を持つ者には暗部の素質があり、その「闇」をカカシはイタチから感じ取った。そして、暗部で隊長を務めるまでになったカカシの部隊に、補充要員として暗部最年少のうちはイタチが入隊することになった。

うちは一族の信頼を取り戻すため、イタチの親友・うちはシスイが始動する。かつて木ノ葉で起こった九尾襲来事件。写輪眼の瞳術により九尾を操れるため、うちは一族が事件を起こした元凶ではないかと疑われた。

うちは一族が「悲劇の一族」と呼ばれるゆえんとなったあの惨劇の夜が迫る。うちは一族のクーデターの気運が高まるなか、カカシは一族が住む区画を訪れ、以前とは違って一族以外を寄せつけない異様な空気を感じ取る。

下忍の先生をやるようヒルゼンから命じられたカカシは、かつてミナトのもと、オビトとリンたちと行った演習を思い出す。チームワークを見極めるための演習なのに、カカシは任務達成のことしか考えていなかったのだ。

心に闇を抱えたカカシにヒルゼンが担当させた下忍は、ナルト、サスケ、サクラの3人だった。まるでかつてのミナト班のようなメンバーにカカシは戸惑い、「自分には下忍の先生の資格はない」と思うのだが…。

見事に鎖の封印を解き、四尾・孫（そん）から信用してもらったナルト。しかし、完全に封印を解くことは出来ず、孫は外道魔像に吸い込まれてしまう。

“暁”側の戦力は一気に減り、戦況は忍連合軍の優勢となっていた。各戦場の忍たちは残党退治を終え、ナルトと仮面の男が戦っている最前線へと向かって移動を開始する。

ほとんどの忍が戦争に駆り出されている木ノ葉隠れの里では、サスケが立ち上げた小隊“鷹”のメンバーの1人・香燐（カリン）が囚われの身となっていた。

本物のうちはマダラの相手をする五影たち。一瞬で森を作り出すほどの木遁忍術を使うマダラの圧倒的な攻撃に、五影たちは苦戦を強いられていた。

綱手だけが使用できる禁術・百豪（びゃくごう）の術を使い、強敵・うちはマダラに挑む綱手。それに続いて雷影、オオノキ、水影、我愛羅の五影たちが力を合わせ攻撃をしかける。

穢土転生の術を止めるため、兄弟であるサスケとイタチがタッグを組んでカブトに挑む！ 2人は強力な瞳術・須佐能乎で攻撃するが、素早い動きのカブトになかなか攻撃を当てることができない。

カブトはサスケを仲間に引き込もうとする。だがサスケは木ノ葉を潰すのは自分の意志だとカブトを否定し、再び戦闘が始まる。カブトにかつての自分を重ねたイタチは自分を見つめ直せと説得するが…。

ついにカブトの過去が明かされる。幼い頃、ケガをして記憶を失っていたカブトは、木ノ葉隠れの里で孤児院を営む“ノノウ”という女性に拾われ、“カブト”と名づけられた。

カブトはこれまで自分が何者なのかを知るために、君麻呂や音の四人衆、そして尊敬する大蛇丸の能力と情報でさえも己の中に蓄積して生きてきた。

“イザナミ”は体の感覚によって術中にハメる瞳術で、かつてうちは一族の間で起こった“イザナギ”による都合のいい結果を奪い合う争いを止めるために作られた術だった。

マダラとの死闘を続ける五影たちは、その圧倒的パワーに苦戦するも力を合わせマダラを封印へと追いつめる。しかしマダラは山ほども巨大な“完成体須佐能乎（スサノオ）”を発動し…。

忍連合軍を苦しめた穢土転生の術は、イタチの活躍によって解かれた。それによりナルトに立ちはだかった人柱力たちや、チヨバア、デイダラといった手練の忍たちが次々と光に包まれて消えていく。

サスケと合流した水月（スイゲツ）と重吾（ジュウゴ）。水月が手に入れた巻物を見たサスケは会わなければならない奴がいると言い、大蛇丸（オロチまる）を復活させようとする。

外道魔像（げどうまぞう）は十尾の素体だった。そして九体の尾獣のチャクラを手に入れた今、外道魔像はついに十尾復活へと変化を始める。

仮面の男の能力は“すり抜ける”ではなく、体の一部が時空間へと移動し、あたかもすり抜けるように見せていた。その時空間はカカシの“神威（かむい）”の時空間と繋がっていることに気づく。

仮面の男はかつて、神無毘橋（かんなびきょう）の戦いで死んだはずのカカシの友・オビトだった！ さらに穢土転生（えどてんせい）の術に逆らったうちはマダラが登場！

神無毘橋（かんなびきょう）の戦いで死んだと思われていたオビトを救ったのは、同じく千手柱間との戦いで死んだとされていたうちはマダラだった。

カカシがリンを殺す瞬間を見てしまったオビトは絶望し、その場にいる忍たちを皆殺しにする。リンの死を受け入れられずオビトは幻術で夢の中に思い通りの世界を作り出すマダラの計画を思い出し…。

かつて自来也の教え子だった弥彦、長門、小南の3人は雨隠れの里を変えようと活動していた。次第にメンバーが増えてきたその組織は“暁”と名乗り、戦で苦しむ地域を回って平和活動を開始する。

木ノ葉隠れの里の未来のため、岩隠れとの和平交渉を阻止しようと暗躍していたダンゾウの言葉によって疑心暗鬼に陥った半蔵は“暁”を壊滅せんと弥彦らを罠にはめるため会合へと呼び出す。

それぞれの戦場で木ノ葉の面々に倒されてしまった音の四人衆たち。だがそれは、四人衆の作戦だった！ 4人の体が朽ちていくとともに発動した忍術、それは時空術式―黄泉転身（よみてんしん）の術。

四人衆を倒せたとしても結界が解かれることはないと知ったシカマルたち。このままでは命尽きるのも時間の問題だが、いのやシノが必死に肉体にチャクラを送り命を繋ぎとめていた。

戦場で白ゼツと交戦するネジとヒナタ。ネジは死角を突かれ襲わてしまうのだが、そのピンチをヒナタが救う。「ネジ兄さんは私が守る」と気合い充分のヒナタ。

木ノ葉の元暗部・卯月夕顔と死んでしまった中忍試験の試験官・月光ハヤテはかつて恋人同士だった。夕顔はすでに暗部を辞め、今は医療忍者たちが慌しく走り回る医療部隊テントの手伝いをしている。

思いもよらぬハヤテとの再会に戸惑う夕顔だが、敵の情報を誰よりも知っているとして無情にもハヤテを追うよう命令される。追いかけるも脳裏に2人で過ごした思い出が浮かぶ中、ハヤテと対面する。

戦場へと向かい疾走するナルトは、戦闘をする忍連合の忍たちと遭遇する。それはカルイを主とする小隊なのだが相手は穢土転生体の侍、タテワキという男。

此の国で人質として扱われている若殿・シュウとナルトを入れ替える作戦が成功した！ あとは無事、若殿を“彼（か）の国”まで送り届けるだけなのだが、シュウは町を見て回りたいと言い出す。

仮面の男・マダラが新しい忍術、“限定月読”をかける相手をナルトに定めていた頃。木ノ葉の里では各班の面々が任務から帰りクタクタに疲れていた。

次々と素早い人影にやられていく忍たち。そこに駆けつけたガイが見た人影の正体は、穢土転生体のチェン老師という老人だった。見た目は弱そうだが、かつて木ノ葉の英雄と言われた最強の体術使い。

猪鹿蝶の3人とサクラ、そしてキバはそれぞれ違う戦場にいる。にも関わらず、同じ姿をした少年の穢土転生体が各戦場に同時に現れた。その少年は天気を操り強烈な雨や雪、雷で攻撃をしかけてくる。

みんなの前に現れた穢土転生体はヨタという少年だった。まだナルトとサクラが知り合うよりも前にヨタは現れ、泣くと雨が降り、笑うと風が吹く天気を操る術でたちまちみんなの人気者に。

ナルトたちはヨタを完全に思い出した。しかし、それは悲しい思い出――子供の頃、ナルトやシカマルたちと仲良くなったヨタだが、敵のスパイだと疑われ里の大人たちに捕まってしまう。

忍連合軍に手駒を減らされたカブトは封印された穢土転生体を取り戻すべく、大蛇丸と各地を回った時に集めた失敗作とも呼べる穢土転生の忍たちを大量に蘇らせ、忍連合軍を数で攻める作戦に出る。

白ゼツと戦い続けるキバたちだが、シノの蟲が何かを感知。キバたちに白ゼツを託し、戦場を離れ感知した場所に駆けつけるシノ。そこには大量の毒蟲を培養し、禁術の準備をするトルネの姿があった。

戦場に向かっていたビーが休憩していると、雲隠れのモトイが合流した。カブトの口寄せ・穢土転生の術により2人の目の前にかつて八尾の人柱力だった忍・フカイが現れ2人の身を案じ逃げろと言うが…。

ミフネとともに戦うカンクロウの前に、穢土転生で操られている傀儡使い・チヨバアが襲いかかる。迎え撃つカンクロウが使う傀儡はチヨバアの孫でもあった“人傀儡のサソリ”。

忍連合本部にオモイが戦場から脱走したと報せが入った。オモイに信頼をよせていた雷影はそのことに動揺し、ともに戦っていた仲間たちにも衝撃が走る。

雷影も驚愕する程の金角銀角兄弟が戦闘に加わり、雲隠れの忍のアツイとサムイ、そしてダルイがそれに立ち向かう。

死闘の末、銀角を封印することに成功したダルイだったがそれに激怒した金角が恐るべき姿に変身する。それはまさに九尾化した人柱力の姿だった！

突如、空中から現れて落ちていくサクラ。偶然それを目撃したいのが助けるも、森に落ちた衝撃でサクラは記憶を失う。里のこともナルトのことも忘れているが、イメージだけは覚えているらしい。

森を逃げる奇襲部隊員たちを蘇ったチヨバアと君麻呂、半蔵らが追撃。一気にケリをつけようと半蔵が放った毒をくらい追い詰められるカンクロウだが第五部隊の侍と侍頭領ミフネが助太刀に現れる。

いの、シカマル、チョウジたちの目の先には忍連合の忍と戦うかつての師・アスマの姿が。アスマの元部下でありアスマなら誰よりも知る猪鹿蝶に一番勝機があると見たシカクは3人に過酷な指令を下す。

アスマに叱咤激励され勇気を振り絞り殴りかかろうとするが、戦意を喪失し攻撃することができないチョウジ。自分はまさに今変わらなきゃいけないと決意したチョウジは…？

チャクラを遮断する部屋で修業をしているにもかかわらず、ナルトはチャクラモードにより金角の九尾のチャクラを感じ取った。部屋から出ようとするが意外な人物・イルカがそれを止めようと現れる。

ナルトが外に出てきたことを知ったマダラが動き出す！ 戦場ではダンを結界に閉じ込めることに成功。さらにヒザシや角都も打ち倒すことができ封印するだけの状態となった。

戦場に向かう森を駆け抜ける九尾チャクラモードのナルトとキラービー。精神世界の九尾がナルトに話しかけ「お前が本当に皆の憎しみを消し、受け止めることができるのか」とナルトに問い詰める。

医療部隊テントのサクラとシズネは戦場で負傷した大勢の忍たちの治療に追われていた。そんな医療部隊の元に白眼を使いすぎ、力を使い果たしたネジがやってくる。

キバ、シノ、ヒナタたちのいる部隊にも白ゼツが現れた。部隊の周囲には結界が張られ簡単には侵入できないはずだが、近くの炭鉱で結界が漏れている場所があるらしい。

夜を迎え、第五部隊の侍たちが見張るカンクロウの傀儡の中にデイダラは捕らえられたまま。捕虜となったデイダラと交渉するため訪れた黒ツチによりデイダラはサスケが死んでいないことを知らされる。

第四次忍界大戦により忍たちが出払ってしまった木ノ葉の里では、木ノ葉丸が里の留守を守ろうと躍起になっていた。しかし、里に残った母親たちはいつも通りにしていればいいと言う。

戦場へと走るナルトとビーの前に、二人を止めるため綱手と雷影が現れる。ナルトを行かせてやってくれと雷影を説得するビー。皆が死んで自分だけ生き残っても意味がないと自分の思いをぶつけるナルト。

ナルトを行かせまいとする雷影との戦闘が始まってしまう。しかし、綱手はナルトを行かせることを決意し、ビーはブラザーからもらった捨てられない言葉がある限りマダラにやられはしないと訴える。

夜が訪れるとともに姿を消した忍刀七人衆だが、カカシ第三部隊の面々はいつ襲ってくるかもわからない敵に警戒しながら休息を取っていた。

忍刀七人衆を撃破するために分散した小隊の一つ、オモイと封印班のマキがいる部隊はかつて大刀“鮫肌”を扱った西瓜山河豚鬼と爆遁の使い手・ガリと遭遇してしまう。

ナルトと綱手が厚い信頼で結ばれていると感じたビーは、そのいきさつが気になっていた。一方、本部へと戻る雷影もまた“私はナルトに賭ける！”という綱手の言葉にあることを思い出す。

雷影の部下・カライが敵の忍術により命の危機に陥ってしまった。早く治療しなければ爆発してしまうが、アマイの医療忍術では治すことができない。

カカシ第三部隊に忍刀七人衆が襲いかかる！ 七人衆が現れたとの情報をうけ、その場に駆けつけたカカシの目の前に長刀“縫い針”を操る栗霰串丸と、爆刀“飛沫”を振り回す無梨甚八が立ちはだかる。

忍刀七人衆、雷刀“牙”の使い手、林檎雨由利がオモイの部隊に迫り来る！ 雨由利の攻撃で仲間のユルイを殺されたオモイは反撃に出ようとするが、部隊を指揮するヌルイは許さず撤退命令を出す。

ナルトたちにある任務が下された。その任務とは“火の国国境近くの神聖域にあるトニカ村で起こった村人惨殺事件。その犯人を突き止め、制裁を与えよ”というものだった。

村で調査を進めるナルトたちの前にカブトが現れた。穢土転生の術でデイダラや木ノ葉の忍・ハヤテが襲ってくる中、カブトを捕まえようとナルトたちは奮闘するのだがからくも逃げられてしまう。

村の生き残りであるドックたちを守るため、ナルトとサクラはシセルの家で寝泊りすることに。ナルトと子供たちは一緒に過ごし仲良くなっていくが、村の襲撃で親を亡くした彼らは泣きだしてしまう。

ナルトの体の中から出現したのは、九尾化したナルトのクローンなのか!? それを操ろうとするカブトは九尾のチャクラが手に入ることに歓喜し、クローンは「力」を求めて空気が振動する程に咆哮する！

クローン九尾に敗れ、祭壇の奥の部屋に閉じ込められてしまったナルトとドック。その2人の前にカブトと意外な人物が現れた。カブトたちの目的は古代の遺産「さえずり」と、その鍵となる「音」。

伝承にあった「天の矛」が出現し、世界を滅ぼす「力」を放出し始めた。その「力」によりクローン九尾はさらに凶悪な姿へと変貌し、強大な「力」で大地を抉り「ホール」を破壊する。

ガイとの激闘の末、ついに捕らえられた鬼鮫。アオバはその鬼鮫から“暁”の情報を抜き取ろうと記憶の中へと入り込む。かつての鬼鮫は、霧隠れの里で、仲間殺しなど裏の仕事をこなしてきた。

木ノ葉隠れの里で出会ったナルトに希望を託し、長門と弥彦の亡骸とともに、故郷である雨隠れの里に戻った小南の前にマダラが現れた。マダラは、力を得るために長門の輪廻眼を狙っていた。

やっとのことで追い詰めたものの、禁術を使い致命傷を免れたマダラに衝撃を受ける小南。その時ふいに、奇跡のような光景が目の前に広がる。やむことのなかった雨隠れの雨がやみ、美しい虹が現れた。

鬼鮫に情報を盗まれ、自分たちの居場所が特定されてしまうと危惧するヤマトたち。ナルトとビーを移動させたいが、“動物たちの生態調査の極秘任務”として騙している以上、外に出す訳にはいかない。

ヤマトたちがいる場所は、雲隠れが昔から飼っている島ほどもある巨大な大亀だった。その甲羅の中で、S級任務だと思い込み生態調査を続けるナルトだが…。

ナルトを守り抜いた土影たちだったが、ヤマトが敵の手に捕らえられてしまう。外のことが気になり始めるナルトだが、ビーの機転により、尾獣のチャクラコントロールの修業に集中し始める。

ナルトとサスケが出会った頃。ナルトには両親がおらず、里の人々から九尾の化け狐と毛嫌いされ、孤独な日々を送る。一方サスケも、両親を殺した兄、うちはイタチへの復讐を胸に、孤独な日々を送る。

ケンカばかりのナルトとサスケだが、死の森での中忍試験では力を合わせ合格を目指す。しかし強敵、大蛇丸を前に足がすくんだサスケは、信じられない力を発揮して戦うナルトを見て焦りを感じる。

サスケは仲間のために尾獣化した我愛羅と戦うが、力でも憎しみの強さでも太刀打ちできなかった。さらにイタチが現われ復讐に燃えるサスケだが、まったく歯が立たず…!?

木ノ葉を抜け、大蛇丸の元へ向かってしまうサスケ。仲間だと信じ、命がけで助けようとサスケを追いかけるナルト、シカマル、チョウジ、キバ、ネジの5人だが…!?

仲間の命を預かる責任を重く感じるシカマル。その考えを見透かしたように、シカクはシカマルを遠方の任務に送り出す。それは航路の途中の藻屑島にてナルトたちと合流し、物資を補給する任務だった。

日向一族の集まりに召集されるヒナタ。当主のヒアシは第四次忍界大戦に向けた一族の体制について説明する。ヒアシは後詰め、前線ではネジが一族を纏めるよう指示するヒアシ。

海からはなれ、久しぶりに陸を進むナルト、ヤマト、ガイ、アオバの前に「木ノ葉隠れのうずまきナルト」を名乗る盗賊が現れた。しかしその見た目は当のナルトには似てもに似つかない。

大戦を前に、木ノ葉隠れの里は準備に追われていた。緊張感の高まる里の様子にいつになく気持ちがたかぶり、自分も先輩忍者たちとともに戦場で敵と戦い手柄を立てようと意気込む木ノ葉丸。

とある港に辿り着いたナルトは、女性ばかりの忍者の里・撫子の里の次期里長・シズカとその従者・トキワと出会う。聞けば2人は自来也の弟子を探しているという。

忍者アカデミーの生徒たちを指導するシノは、自分がまだ下忍だった頃の思い出を話す。シノたち第八班は、ターゲットの盗賊忍者を追い詰めたものの取り逃がしたことがあった。

大戦に備え、リーの八門遁甲を強化する修業につき合うテンテン。テンテンが放った金属人形を持ち上げるべく、滝つぼに飛び込むリーだが、なかなか水面に浮上してこない。

束の間の休息に、復興途中の里の散策をするサイ。壊れた民家に咲く見事な梅の花に誘われ、敷地内に入って行くと、縁側に詰まれた古い白地の襖が目に入った。

偶然出くわした子供たちのけんかを、見事な連携で止めるいの、チョウジ、シカマル。すると一部始終を見ていた老下忍のコスケが3人の連携を褒める。

ナルトとの差に、歯がみするキバ。差を縮めるべく赤丸とともに修業に励むが、なかなか成果が出ない。思い余って、通りかかったカカシに修業を願い出るが、生憎カカシは所用に追われていた。

最後の補給地を前に、旅の終わりが近いことを感じるナルトたち。ここまで来ればもう安心だと安堵するガイとアオバだが、油断は禁物だと注意を促すヤマト。

水の国領内の小島にて最後の補給を行うナルトたち。同じ頃、土隠れの赤ツチと黒ツチは水影宛の書状を携え、土影の使者として同じ島に降り立っていた。

突如、目の前に現れたうちはマダラに驚く四人の影たち。マダラは救い出したサスケを時空間忍術で隔離すると、自らが掲げる『月の眼計画』の詳細について語り始める。マダラは九匹の尾獣のもととなった化物『十尾』を復活させ、自らその人柱力となり、世界を幻術にかけるつもりだという。「残り二匹の尾獣を差し出せ」との要求を拒否する四人の影達に、マダラは第四次忍界大戦を宣戦する。

マダラの宣戦布告を受けた影たちは雷影を長とし、忍連合軍を結成。早速、大名の承認を求めることになる。その頃、鉄の国の宿屋ではナルトの元にサクラたち一行が到着していた。

八尾入手のためにやってきた鬼鮫との死闘を繰り広げるキラービー。尾獣のチャクラをまとい戦うが、大食いの鮫肌は次々とビーのチャクラを喰らい、刀身を巨大化させてしまう。

サイの墨分身からサクラが言えなかった真実を聞くナルトたち。サスケを想うが故に、ひとりでサスケを殺すことを決意したサクラの壮絶な覚悟にナルトはただ絶句する。

風影たちからの情報を受け、今後の行動を決めるカカシたち。カカシがサクラを止めに向かい、ヤマトとナルトは先に里に戻ることになるが、苦悩するナルトは過呼吸の発作を起こし、倒れてしまう。

攻撃が通じない、ダンゾウの不可思議な術に翻弄されるサスケ。途中ダンゾウの呪印に動きを封じられるも、須佐能乎を完成させ、さらなる攻撃を仕掛ける。

ぶつかり合い、互いに刺し違えたかのように見えたサスケとダンゾウ。勝負はイザナギを使うダンゾウの勝利に見えたが、ダンゾウは一瞬の隙を突いたサスケの幻術に落ちていた。

サスケの行方を捜すサクラたち。鋭い嗅覚でサスケの居所を突き止めるキバ。するとサクラは皆を眠り玉で眠らせようとする。サクラが始めからサスケを1人で倒す気でいたことを知り、憤るキバとリー。

過呼吸の発作から、宿での休息を余儀なくされるナルト。友としてサスケにすべきことはなんなのか。じっと考え込むナルトの脳裏に、少年時代から続く、さまざまな出来事が思い起こされる。

サスケの元に辿りつき、サスケに同行して里を抜けると宣言するサクラ。サスケは「自分の望みは木ノ葉を潰すこと」と伝えた上で、瀕死の香燐に止めをさしたならサクラの行動を信じると提案する。

サスケからサクラを奪い返すナルト。サスケの行動をとがめるナルトに、サスケは自らの手でダンゾウを殺めたと告げる。一族を穢した木ノ葉を殺しつくし、うちはを浄化すると宣言するサスケ。

「一流の忍同士なら拳を交えただけで互いの心の内がわかる」かつて週末の谷でのサスケの言葉のままに、サスケの心の内を読み取るナルト。それはサスケも同様だった。

雷影に連れられ、雷の里に帰還するビー。感涙するオモイとカルイと久々の対面を果たす。ビーに懐き、側を離れようとしない鮫肌だが…、その行動の影には暁の思惑があった。

中継会談で忍連合軍を承認する五大国の大名たち。影たちはそれぞれの里へ帰還し、すぐさま戦争の準備へと動き出す。上役たちに召集をかけ、これまでの経緯を説明する我愛羅。

サスケは1人で倒すと宣言するナルト。釈然としない仲間たちだが、ナルトはそれ以上を語らない。そのころ、カカシは火影不在の事態を打開するため、木ノ葉の上役から火影就任の打診を受けていた。

妙木山にて、自来也より託された四象封印の鍵をどうするべきか話し合う、ガマ寅、フカサク、大ガマ仙人。鍵であるガマ寅がナルトに蔵入りするのが自来也の遺言ではあったが…!?

妙木山にて予言を受け、ガマ寅を自分の中に蔵入りさせるナルト。しかし不安を覚え、手を止める。九尾のチャクラには憎しみの塊である九尾の意志がついてくるもので、制するのは容易ではない。

綱手より第四次忍界大戦の開始が近いことを告げられるサクラ。迫り来る戦争の気配を察しているチョウジに、開戦が近いことを告げるシカマル。

里の復興のため、必要な忍具を調達しに「木ノ葉忍具研究所・分室」を目指すテンテンとネジ。人里離れた山中にある施設を目指す2人は、研究所を訪れた時に起きたある事件のことを懐かしく思い出す。

とある森の中、子供ダチョウを前に立つ風格ある1羽のダチョウ？ 名はコンドル。コンドルはかつてナルトたちが捕獲したダチョウ。しかし修業を重ねたコンドルは人語を操る忍ダチョウに成長していた。

中忍試験で我愛羅戦に受けた傷が癒えず、ロック・リーが入院生活を余儀なくされている頃。ふとしたことから、ナルトはリーのためにガイが作成した特性青春ドリンクを飲み干してしまう。

里を抜けたサスケを取り戻すため、自来也とともに修業の旅に出たナルト。写輪眼が得意とする幻術への対抗策を身につけさせようと考える自来也は、昔世話になった村へナルトを連れて行くことに。

村は雨隠れの半蔵の右腕であった忍、カンダチによって人質を取られた。村を救おうと立ち上がるナルトと自来也だが、雨忍の報復を恐れたタニシがナルトたちの正体をばらし、作戦を台無しに。

猫科の肉球スタンプを集めた書『肉球大全』を完成させるため、サスケたち第七班に最後の1枚を取ってくるよう依頼する武器商人の猫バア。Dランク任務のため、カカシ抜きの七班が任務に向かうが…!?

時は里が木ノ葉崩しを受けた直後の頃。虎視眈々と里を狙う他国の忍たちへの牽制のため、ナルトは上忍ハヤマの隊に参加し北の国境パトロールに赴くことになる。

任務帰りのナルトたち第七班は、暗部に引っ立てられて行く美しい女性を目撃する。名はハナレ。女芸人に扮して木ノ葉の情報を探ろうとしていたくノ一だという。

中忍試験本選の最中、ナルトに敗北したネジは医務室で傷を癒していた。気遣ったテンテンが見舞いに訪れたその時??大蛇丸による木ノ葉崩しが勃発する。

自主練を終えた帰り道、岩に張られた奇妙なお札を発見するナルト。深く考えずに剥がして帰るが、その晩寝ていると、枕元に男の幽霊が現れる。ビックリするナルトだが…!?

大名の妹が大切にしている黄金像を取り戻すため、盗賊を追う第七班。二手に分かれる必要があるため、連絡手段を残してカカシが去った所で、件の盗賊団が目の前に現れた。

長年盗賊弾の被害に悩まされているとある村に派遣される、第七班と第十班の面々。断崖にあり、天然の要塞と化した盗賊のアジトを叩くため、上忍のカカシとアスマは潜入ルートの確保に出向く。

サスケはナルトとの対立を深めつつあった。このままでは任務に支障をきたしかねないという綱手の判断で、サスケとナルトに別々の任務を与えて、冷却期間を設けることに。

暁の猛攻にさらされる木ノ葉の里。その地下ではダンゾウが己の野望のため、行動を開始していた。一方、情報部にて雨忍の脳内を探っていた山中いのいちは、重大な情報をつかもうとしていた。

故郷の惨状に衝撃を受ける木ノ葉丸とモエギとウドン。しかし下忍としての責務「人々を安全な場所に誘導する」を果たすため、それぞれ走り出してゆく。瓦礫の下から里人を救出する木ノ葉丸だが…!?

火影邸の屋上にてペイン天道と対峙する綱手。九尾を渡すよう迫るペインの要求を拒否する綱手だが、ペインは遠く離れた人間道の能力を使い、ナルトの居所は妙木山であることを看破する。

異変を察知し、フカサクとともに妙木山から駆けつけるナルト。しかしそこで目にしたのは原形をとどめることなく破壊しつくされた木ノ葉の里の姿だった。あまりに甚大な被害に我を忘れる綱手だが…!?

仙術により完成した風遁螺旋手裏剣を叩きつけるナルト。ペイン人間道を倒すことに成功するが、残りの複数のペインたちがナルトの前に立ちはだかる。シカマルら仲間たちはナルトの戦いに気づくが…!?

ガマブン太たちが倒され、ついにペインに押さえ込まれてしまうナルト。仙人モードで対抗しようとするが、餓鬼道にチャクラを吸収され、仙人モードを強制解除されてしまう。

フカサクが倒され、シマが倒され、ついに天道によって完全に捕らわれてしまうナルト。絶体絶命と思われたその時??天道の前に躍り出たのは、白眼で戦いの行方を見守っていたヒナタだった。

目前でヒナタを倒された衝撃に我を忘れるナルト。かつてない怒りが引き金となり、九尾のチャクラが大暴走を始めてしまう。カツユを介し、ナルトの九尾化を知る仲間たちだが…!?

精神世界にて、四代目火影・波風ミナトと遭遇するナルト。ミナトはナルトが八本目の尾まで封印を解除すると意識の中に出てくるよう、あらかじめ細工をしていたのだという。

憎しみの連鎖を断ち切るため、ペインの本体の居所を目指して駆けるナルト。だが途中、シカクといのいち率いるペイン探索隊に遭遇してしまう。ナルトの主張に驚愕し、反対するいのいちだが…!?

時はさかのぼって中忍試験本戦前。来るべき試合に向けて修業に励んでいたナルトは自来也の口から「四代目の遺産」という謎の言葉を聞く。どうやらそれは四代目が残した究極の忍の極意のことらしい。

四代目が残した記録を破り、極意を入手するため、襲い掛かる難題に挑んでいくナルトたち。しかし先を急ぐナルトの行動は仲間たちに度々ピンチを招いてしまう。

辿りついたナルトを迎える、長門と小南。世界にはびこる憎しみとどう向き合うか??長門の話を聞いてから、その答えを出すというナルトの言葉に応じる長門は、静かに過去の出来事を語り始める。

弥彦の夢を叶えるため、戦地を潜り抜け、自来也の元に辿りつく長門、弥彦、小南。自来也の元で成長した3人は弥彦をリーダーに据え組織を立ち上げ、武力に頼らない平和を構築しようと活動を始める。

長門の語る痛みの記憶に圧倒され、ただ俯くナルト。この呪われた世界に本当の平和など存在しない、自来也の言葉は全て虚構だと切り捨てる長門は、ナルトに投げかけた問いの答えを促す。

ナルトの選択に共感し、全てを賭けると決めた長門は最後の大術「外道・輪廻転生の術」を放つ。それは長門の命と引き換えに、この戦いで命を落とした忍たちの魂をこの世に呼び戻す、禁断の術だった。

四尾を狩り終えたイタチと鬼鮫を呼びつける“暁”のリーダー。一堂に会したメンバーたちに、リーダーは大蛇丸の死と、それを倒したサスケが今後“暁”を標的に動き出すであろうことを忠告する。

カカシの指揮の元、イタチの探索を開始する木ノ葉。一方、サスケ率いる「蛇」の面々もまたイタチの情報を集めるため動き出していた。時を同じくして、目標に向け動き出すデイダラとトビ。

遭遇と同時に、戦闘に突入するサスケとデイダラ。サスケの能力を確認したデイダラは、ドラゴンで上空から一方的な遠距離攻撃を仕掛けてゆく。サスケは空に逃れて攻撃をやりすごそうとするが…!?

イタチへの敗北感から、写輪眼崩しに執念を燃やすデイダラは、遂にイタチを倒すための大技「C4カルラ」を炸裂させる。それは、あらゆる生物を内側から破壊しつくす脅威の攻撃だった。

デイダラの自爆に巻き込まれ、消息を絶つサスケ。サスケの異変に気づいた重吾、香麟、水月は急ぎサスケの元に向かう。一方、探索を続けるナルトたちも巨大な爆発に気づいていた。

木ノ葉の追っ手の存在を察知した香麟の報告により、サスケたちは急ぎ宿を後にしていた。そんな中、多重影分身の術で手当たり次第にサスケを探そうとするナルトの前に、うちはイタチが現れる。

時は二代目火影の統治時代。下忍になったばかりの少年自来也は、時空間忍術修業にのめりこむうちに妙木山に迷い込んでしまう。幼少ガマブン太とともに大蝦蟇仙人に謁見した自来也は…!?

第三次忍界大戦勃発のため、弟子探しの旅を中断し、木ノ葉の忍として綱手、大蛇丸とともに雨隠れでの戦闘に参戦する自来也。渡り合った雨忍山椒魚の半蔵により「木ノ葉の三忍」の名を与えられ…!?

雨隠れへの潜入を果たす自来也。里人たちは前の里長、山椒魚の半蔵の影が一切払拭された街でペインを長とあがめていた。半蔵の所在とペインの情報を求める自来也は、下忍を拘束し、尋問する。

戦闘に備え、体内からナルトの八卦封印の鍵を司る巻物蝦蟇を蔵出しする自来也。捕らえた下忍のひとりをガマ五郎に託し、自分は偵察任務を再開する。しかしその動きはペインに察知されていた。

歪んだ思想に捕らわれた弟子を倒すため、戦闘に突入する自来也。巨大蝦蟇ガマケンを口寄せし、口寄せを使うペインに対抗する。伝説の輪廻眼を持つ敵を前に、「仙人モード」を使うことを決心し…!?

仙人モードを完成させ、３人のペインとの戦いに突入する自来也。２大仙人、フカサクとシマとともに攻撃を繰り出すも、忍術は消し去られ、体術もペインたちの謎の連携によって阻止されてしまう。

片腕を失い、劣勢に立たされる自来也の前に現れる６人のペイン。うちひとりはかつての自来也の教え子、弥彦だった。深まる輪廻眼の謎に困惑する自来也だが、思案の間もなく激戦へと突入していく。

イタチを追いかけるサスケは“暁”のアジトのひとつに到達していた。仲間たちを残し、潜入を試みるサスケの前に、遂に兄のイタチが姿を現す。しかしそれは幻術によるものだった。

うちはのアジトにてサスケを待つイタチ。その胸中には木ノ葉を出奔するに至った過去の出来事がよみがえっていた。サスケの到着とともに、２人は因縁の兄弟対決へと突入する。

写輪眼による凄まじい幻術合戦の後、イタチは最強の瞳術である万華鏡写輪眼の秘密と、うちは一族の歴史を語り始める。それは力を求め、互いに血を流し合うさだめを負った呪われた歴史であった。

力ずくで「月読」を破ったサスケは、ダメージを受けたイタチに怒涛の反撃を開始する。サスケの成長とセンスに驚愕するゼツ。しかしイタチはさらなる強力な瞳術「天照」でサスケを迎えうつ。

イタチに最後の大術「麒麟」を放つサスケ。雷による絶対不可避の攻撃を受けるイタチだが??その体は謎の術「須佐能乎」によって守られていた。最後の切り札を破られ、唖然とするサスケ。

ナルトたちはトビによる足止めに手を焼かされていた。幻すべての攻撃は届かず、かわされてしまう。しかしそこに突如ゼツが現れ、サスケとイタチの戦いが終結したことを告げるのだった。

“暁”のアジトにてマダラと対面するサスケ。マダラは自分こそがあの夜の協力者であることを明かし、「イタチの真実」について語ろうとする。極度の疲労状態の中、新たな情報に混乱するサスケ。

うちは一族はクーデターを企てていた？ マダラが語る信じがたい話に、絶句するサスケ。その優秀さゆえに、木ノ葉とうちは一族の間に板ばさみになったイタチは、地獄のような日々を送っていた。

「天照」の炎が残る戦闘の跡地で懸命にサスケの捜索を続けるナルトたち。しかし探索チームの能力を持ってしても痕跡を見つけることはできず、カカシは里への引き上げを決める。

“暁”と手分けして尾獣を狩るため、雷の国の雷雲峡にて八尾のキラービーと対峙する「鷹」の面々。尾獣のチャクラをまとう特殊攻撃に、瀕死の重傷を負ってしまうサスケは窮地に立たされるが…!?

結晶化した寄壊蟲の解析結果により、カカシ達が戦っている相手は「晶遁」という稀少な術の使い手である事が判明した。未だ見えぬ大蛇丸の目的に苛立つ綱手は焦りをにじませる。一方、ゴズとリンジを退けた探索班にはある異変が起きていた。展開しているシノの寄壊蟲の包囲網ごと、結界忍術に捕らわれたのだ。それは紅蓮の翠晶迷宮の術だった。晶遁使いとの直接対決を覚悟するカカシ。しかし部下に行わせた戦闘により、木ノ葉の手の内を把握している紅蓮が取った戦術とは…？　——その頃、増援班としてカカシ班を追いかけるナルトは、温泉で会った少年・幽鬼丸と再び遭遇する。

ガマとのコラボ忍法を成功させ、結界を粉砕してカカシ班の元に駆けつけたナルト達増援班。しかし、ナルトの新術は流体を結晶化させる紅蓮の能力により返り討ちになってしまう。戦況を不利と判断するカカシは増援班の協力の元、盾に取られたヒナタを奪還し、辛くも戦闘から離脱する事に成功する。木ノ葉に追い討ちをかけようとする紅蓮だったが、現れたカブトに促され、本来の任務に戻る事に…。たどり着いた湖で再び行われる実験の果てに紅蓮たちが目にしたものとは——？

蝙蝠を使って、紅蓮たちを追尾する木ノ葉達。その行く先に大量のチャクラの気配を感じ取る赤丸とキバ。ただならぬ事態が起こりつつあると確信するカカシは、現れたリンジ達との交戦に入る直前にナルトを湖に向かわせることに。その頃、湖では紅蓮達による三尾捕獲作戦が展開していた。幽鬼丸の消耗により制御不能となる三尾を力づくで押さえつける紅蓮。その紅蓮に危機が迫った時、幽鬼丸が発揮するおもわぬ力とは…？　ガマ吉、ガマ竜と共に湖にたどり着いたナルトは信じられないものを目撃する。

濃霧の中、ナルトとの合流を果たす木ノ葉達。湖を覆う霧に幻覚作用がある事を知り、仲間たちは警戒感を強めてゆく。またナルトの報告により、敵の狙いが三尾である事を知るカカシは、想定外の事態に綱手の判断を仰ぐ事に…。一方、幽鬼丸と共に取り残された紅蓮は、三尾の吐き出す霧の作用で不思議な幻覚に捕らわれる。幻覚に苦しむ紅蓮を救ったのは…。——そして同じ頃、木ノ葉では三尾出現の報告を受けた綱手が対策を打ち出していた。

幽鬼丸を探して霧の中に入ってゆくナルト。分断された状況の中で動けない幽鬼丸を守るべく、警戒を強める紅蓮。はからずも両者が相対した時、幽鬼丸を巡る激しい感情が火花を散らす。その一触即発のギリギリの緊張を打ち破ったものとは——？　一方、姿を消したナルトを探す、木ノ葉の仲間達。敵の尾獣捕獲手段を考察するカカシはナルトの話から、ある推論に辿り着いていた。

木ノ葉より増援部隊が到着した。綱手より下された新たな任務は「尾獣三尾を誰の手にも渡らぬよう封印する事」と「尾獣に関わる能力を持つ幽鬼丸を保護する事」。チャクラコントロールに長けたヒナタ、サクラ、いの、シズネで封印班を組み、残りの仲間達は二班に別れ、封印班を護衛する事に。予測される晶遁使いとの再戦に備え、カカシが打ち出した対策とは。一方その頃、対する大蛇丸陣営では、紅蓮がカブトへの不信感を募らせていた。その時、カブトに歩み寄る人影とは——？

三尾を封印したい木ノ葉側と、何としても阻止したい紅蓮側。それぞれの思惑を抱き、作戦を開始する両陣営。三尾捕獲の為の結界四方封陣を発動し、三尾の探索を開始するシズネ達封印班と、それを護衛するヤマト班とカカシ班。それぞれの元にリンジ班、紅蓮班が現われた時、ついに再戦の幕が上がる。ヤマト班として再びキギリ、ヌラリ、キホウと対峙するキバは以前戦ったときの事を思い出し、リーとテンテンに忠告をするが——。

三尾封印の為の結界四方封陣を守るべく、紅蓮との死闘を繰り広げるカカシとナルト。サイは一人、ゴズとの闘いを繰り広げる。紅蓮の圧倒的な晶遁の威力に劣勢に追い込まれるカカシ班。カカシ達の奥の手は紅蓮の晶遁を切り崩す事は出来るのか？　一方、遂に三尾の居場所を探し当てる封印班達。チャクラコントロールに全神経を集中させるが、護衛班が迎撃に出払い、無防備になったその側面に敵の影が忍び寄る…

幽鬼丸の力を使って三尾を暴れさせ、内側から木ノ葉の結界四方封陣を破ろうと考えるカブト。カブトに弱みを握られ、逆らう事が出来ない紅蓮だが、もう一度だけ自分に結界四方封陣を壊すチャンスをくれと進言する。そこでカブトが提示した条件とは…？　一方、カカシとサイ、ナルトとシノは二手に別れ、逃れた紅蓮の探索を続けていた。幽鬼丸の居場所を特定する為、何としても紅蓮と接触したいナルトだが…。また同じ頃、湖では三尾封印の為の結界四方封陣が完成のときを迎えていた。

怒れる三尾から紅蓮の身を守ろうと、限界を超えた力を発揮する幽鬼丸。その決意に心を打たれる紅蓮は、幽鬼丸の母を殺した己の罪を心から悔いる。しかし幽鬼丸が力尽きるのと同時に、コントロールから解き放たれた三尾は己を操る幽鬼丸に激しい怒りをぶつけ、亡き者にしようと攻撃を加えるのだった。執拗な攻撃から必死に幽鬼丸を遠ざけようとする紅蓮だが——そんな互いを想い守りあう二人の関係を冷静に眺めている人物がいた。そして紅蓮に、最大の窮地が訪れる…！

幽鬼丸を守る為の共闘の果てに、三尾に飲み込まれてしまったナルトと紅蓮。そこはどこまでも鍾乳洞が広がる異様な世界だった。幽鬼丸を巡り互いに敵意をむき出しにする両者だが…そこには思いがけぬ危機が迫りつつあった。一方、戦いの中、幽鬼丸を保護するも、ナルトの姿を見失ってしまった木ノ葉の仲間たち。幽鬼丸の治療に当たるサクラに目覚めた幽鬼丸が告げた驚くべき言葉とは——。その頃、湖近くの洞窟では瀕死の重傷を負ったヌラリ、キホウ、キギリを冷酷に見据えるカブトの姿があった。

ナルトが三尾の中にいると聞かされる木ノ葉の仲間たち。幽鬼丸の不可思議な感覚を信じるしかないカカシ達は導きに従い、救出作戦を試みる事に。異空間に消えた三尾の中にいるナルト達を救い出す手段とは——？　その頃、三尾の内部では襲い来る小型三尾の攻撃にさらされたナルトと紅蓮が窮地に陥っていた。霧に包まれた峡谷で二人が目の当たりにする恐るべきものとは…？　絶体絶命の危機の中、自らの命運が尽きたと感じる紅蓮は、幽鬼丸をナルトに託そうとするが…

救助手段を講じても戻らないナルトと紅蓮に、焦燥感を募らせる仲間達。しかし目覚めてしまった三尾に対抗する為、再び封印班は結界四方封陣を試みる事に。危険な場所から幽鬼丸を遠ざけようとするサイだが、カブトの術によって強化されたヌラリ、キホウ、キギリの突然の奇襲を受け、幽鬼丸を奪われてしまう。だが、木ノ葉による三尾封印が完成しかねない状況はカブトの心に暗い影を落としていた。逡巡の果てに、カブトが取った行動とは？　そして消えたナルトと紅蓮の行方とは――？

幽鬼丸の全ての力と命を使い切り、三尾に木ノ葉を叩かせようと目論むカブト。三尾の凄まじい力に封印を破られそうになるシズネたちの危機を救った意外な存在とは。

大蛇丸の計画を聞かされ激昂するナルトは、カブトとの戦闘に突入する。衰弱した幽鬼丸とともに、その場から脱出を図る紅蓮だったが、カブトに操られた麟児がその前に立ちはだかる。

昏睡する幽鬼丸を診るシズネだが、幽鬼丸は二度と三尾を操れぬ体となっていた。任務続行は不可能と判断した綱手は、皆に帰還命令を出す。その夜、幽鬼丸はひとり姿をくらましてしまう。

飛段の術により瀕死の重傷を負うアスマ。暁によってそれぞれ窮地に追い込まれ、絶体絶命のシカマルたち。しかしそこに駆けつけたのは、イノとチョウジをはじめとする木ノ葉の増援部隊だった。仲間達を救出し、再び暁とにらみ合う木ノ葉達だが——何者かの突然の介入により、暁達は突如撤退してゆく。辛くも戦闘を回避した木ノ葉勢だが…急所を貫かれたアスマには最期の時が迫っていた。

はるか遠方の地で、暁が『世界征服』こそ組織の目標である事を明かしていた頃——木ノ葉では帰還したシカマルたちが綱手に任務報告をしていた。紅の心中を慮る綱手だが、シカマルは自らアスマの死を紅に告げる役を買って出る。一方、困難を極める新術開発に行き詰まりを感じているナルトは、カカシの助言をきっかけに思わぬヒントを得ることになるが——そこに、アスマの訃報が飛び込んでくる。

深い悲しみの中、木ノ葉の里ではアスマの葬儀が営まれていた。一人葬儀を欠席したシカマルは、深い喪失感から立ち直れずにいた。同じくチョウジもまた、やりきれない思いを噛み締めていた。失意の第十班それぞれが冷静に己を見つめなおした時、見えてくる『通すべき筋』とは…。自らの意思で『暁拘束任務』の続行を決める第十班。綱手に無謀な出撃を反対されるシカマル達だが——そこに思わぬ救いの手が差し伸べられる。

暁拘束の為、旅立った十班とカカシ。連携のとり易さから、増援はナルト達七班が最適と考える綱手は、ナルトに24時間以内に新術を完成させるように命じる。一方、全ての策を確認し終えたシカマル達は、角都、飛段との対決の時を待っていた。そしてイノの心転身の術が飛段達を発見した時——遂に戦いの火蓋が切って落とされる。張り巡らされたシカマルの計略は、暁の二人を倒すことができるのか…？

先制攻撃を仕掛けるものの、物理攻撃一切を無効化する角都の能力に戦慄するシカマルとチョウジ。だが、そのカラクリを看破したカカシにより、角都はあっけなく倒される。——だがそこに起こるある異変とは？　想像を超えた現象を目の当たりにするシカマル達は新たなる窮地に追い込まれる。一方その頃、着々とオリジナル忍術をと完成させつつあるナルトは、ヤマトより『五大性質変化の優劣関係』について説明を受けていた。

頭刻苦の猛烈な火遁攻撃をかろうじてかわすシカマル達。だが、写輪眼と雷切を連続で使ったカカシには疲労が蓄積していた。不死身である飛段と角都を倒す為には、敵を分断するしかないと判断するシカマルは自ら進んで飛段を角都から遠ざけるための陽動役を買って出る。シカマルに飛段を任せ、角都の相手を引き受けるカカシだが——その時、不意に明かされた、角都の恐るべき秘密とは…？

一人森の奥で飛段と対峙するシカマルは、チャクラ切れにより飛段に血を取られ絶対絶命の危機を迎えていた。同じ頃、カカシもまた角都の猛攻撃を受け、遂に捕らわれてしまう。潰した心臓の代替品として心臓を抜き取られる寸前のカカシだが——その時、優位に立っていた筈の角都にある異変が起きる。だが全ては予定調和だった。今、シカマルが考えぬいた作戦の全貌が明らかになる…！

間一髪のタイミングでカカシ班の増援に駆けつけたナルト達。サクラとサイはカカシの指示で孤軍奮闘するシカマルの援護に向かうことに。その頃、飛段に追い詰められたかに見えたシカマルには、勝負の時が迫っていた。不死身の飛段を倒すべく、シカマルが周到に用立てたモノとは…そして勝負の行方は？　一方、修業の経験を活かし、影分身を使って角都の情報収集を行うナルトは、新術である『風遁・螺旋丸手裏剣』を作り上げてゆく。

ナルトの新術の威力に驚くイノとチョウジ。角都もまた本能的にナルトの術の危険性を察知するが、発動時間の短い新術は角都に当たる手前で消滅してしまう。手の内がバレた以上、ナルトの新術で角都を倒すのは難しいと判断する仲間たち。しかしナルトは自分の更なる成長の為、もう一度やらせて欲しいと懇願する。その真摯な気持ちに折れる仲間たちだが…。ナルトの新術を避ける為、遠距離タイプに形態を変化させる角都に、ゼロ距離で当てなければならない『風遁・螺旋手裏剣』は届くのか？

「隠し墓を襲撃した連中の狙いはソラにあるのではないか？」そう推測するヤマトは、しばし戦列に戻れないサイの代わりを理由にソラを臨時のカカシ班員として迎え入れる事を決める。気乗りしないナルトだが、里に戻った途端ソラの面倒を丸ごと押し付けられてしまうことに…。ナルト目前で次々と信じられないトラブルを起こすソラ。挙句の果てにキバやチョウジまで巻き込んでの乱闘騒ぎにもつれ込むが、それを止めたのは意外な人物だった。一方、火の国の一角で襲撃者フリドは次なる行動を開始していた。

ひょんな事からアスマに修業を見てもらう事になるナルトとソラ。アスマの鉄拳指導の下、二人は風の属性修業に没頭していく。アスマの言葉により胸のつかえが取れ、木ノ葉での生活に安らぎを見出しつつあるソラだったが——その眼前に突如姿を現したフリドは「ソラの父を殺したのはアスマだ」と衝撃の事実を告げる。一方、火の寺の地陸よりの手紙を受け取る綱手。そこにはソラが十年前に起こした事件の詳細がしたためてあった。

敵対しかねない雨隠れの忍との密会という、不審行動をとるダンゾウを拘束する綱手。しかし、密会の相手は木ノ葉の草であった。情報によると墓荒らしの四人組の狙いはソラであるらしい。木ノ葉にとって危険な存在になりかねない、ソラの抹殺を唱えるダンゾウ。ダンゾウを制止しようとする綱手だが…。一方、アスマこそが父の仇であるという確信を得て、ショックを受けるソラ。憎悪に駆られるソラはフリドの導きのままに——一度は心を許しかけた、木ノ葉へと刃を向けてしまう。

大停電に端を発し、遂にフリド達による木ノ葉襲撃が幕を開ける。すぐさま警戒態勢に入る木ノ葉だが、フリド勢の作った防御結界により、住人全員が里内に閉じ込められる事態に。混乱を極める状況の中、逃亡を図るソラにようやく追いつくナルトとアスマ。厳しく「綱手を襲撃した理由」を問い詰めるナルト達に対し、ソラは怒りを爆発させる。だが、その言葉の裏に「守護二士忍のクーデター未遂事件」を知る何者かの存在を感じ取るアスマは、里に迫りつつある大きな危険に気づくのだった。

迫りつつある最悪の事態を阻止すべく、発電施設に向うアスマ。そこで目にしたのは蘇生忍術によりふたたび生を得た、墓を暴かれた守護忍十二士達の姿だった。フリドの目標は雷遁四人衆の術で里を焼き尽くす事だったのだ。アスマは駆けつけたサクラとヤマトを雷遁四人衆の阻止に向わせ、その場に残った元十二士のキタネとの戦闘に突入する。一方、フリドの元へ向かおうとするソラを止めようとするナルト。だがその前に再び、フリド勢のくノ一、フウカが立ちふさがる。

フリドの狙いが玉である火影抹殺のみならず、木ノ葉の里の徹底殲滅である事を知り、絶句するソラ。フリドを止めようとするが、圧倒的な力量差で押さえ込まれてしまう。そのころ里のいたるところでは忍達の死闘が繰り広げられていた。死人の跋扈を防ごうと大門付近で策を尽くす木ノ葉の仲間たち。フウカ、フエン、フドウとの因縁の対決を強いられるナルト、サクラ、ヤマト。蘇ったかつての同胞キタネと対峙するアスマ——混乱を極める騒乱の中、刻一刻と木ノ葉に雷夢雷人の危機が迫る。

里の各所ではキタネ以外の雷遁四人衆がすでに雷夢雷人の配置についていた。木ノ葉殲滅まであとわずかという危機の中、諦めないアスマはキタネを止める為、懸命に力を振り絞る。「結局、玉とは何だったのか」問いかけるキタネの問いに対するアスマの答えは——。一方その頃、ナルトは全属性を駆使するというフウカの不可思議な術に追い込まれ劣勢を強いられていた。果たして風のチャクラの応用で勝機を掴むことができるのか…。そして同じ頃、フリドに捕らわれたソラの体に起こり始めたある異変とは？

遂にソラの元に辿り着くナルトとアスマがそこで目にしたのは、禍々しいチャクラに全身を覆われた、変わり果てたソラの姿だった。唖然とするナルト達に、ソラの出生の秘密を明かすフリド。ソラの中には十年前ナルトの中に封印し切れなかった、九尾のチャクラが植えつけられていたのだ。同じ立場の者としてソラの苦しみを想像し、怒りに身を震わせるナルトだが——。信じたものに裏切られ続けた絶望の中で、ソラは自暴自棄な破壊衝動に身を任せてしまうのだった。

フリドの正体は死んだはずの守護忍十二士のクーデター首謀者、カズマだった。アスマは己の義をかけ、十年の時を超え、再びフリドと対決する。一方、暴走し始めるソラを止めようとする木ノ葉の仲間たちは戦いの疲労の為、次々とチャクラの限界を迎えてゆく。力づくでソラを押さえ込もうとするナルトだが…そこで誰も予想しなかった最悪の事態、ソラとナルトの二つの九尾による、チャクラの共鳴現象が起こってしまう。果たしてナルトは己の暴走を抑え、ソラを救う事ができるのか？

前に出ようとする九尾を懸命に抑えつつ、懸命にソラの心を呼び戻そうとするナルト。ソラのまとう九尾のチャクラにより、一切の手出しができない仲間たちは、ただ固唾を飲んで戦いを見守る。果たしてナルトの命がけの制止はソラの心に届くのか？　一方、ソラの暴走を見届け、戦線離脱を図ろうとするフリドとアスマの戦いも決着の時を迎えていた。玉とは、義とは、親子とは——壮絶なる戦いを繰り広げた元守護忍十二士がたどり着く結論とは——。だがその頃、遠く離れた地では『二尾』狩りを開始する暁の二人、飛段と角都の姿があった。

三本目の尾を発動し、大蛇丸のみを標的として追うナルトの目に仲間の姿は映らない。激しさを増す戦いに巻き込まれ、意識を失うサクラ。サクラ救出に手を差し伸べるヤマトの隙をつき、サイは遂にダンゾウから託された極秘任務をスタートさせる。一方大蛇丸の挑発を受けたナルトは先走るサスケ奪還への願いと焦燥の中、ついに禁断の四本目の尾を発動してしまうのだった。

四本目の尾の発動により完全に意識を失い、破壊衝動に支配されるナルト。ようやく近付いたサイとヤマトの分身が目にしたのは、大蛇丸と九尾ナルトの人知を超えたおぞましい戦いだった。常人には耐えられない程邪念の強いチャクラを纏うナルトが何故動けるのか、疑問を抱くヤマト。ぶつかり合う三重羅生門と高密度のチャクラが生み出す爆風の中、ナルトの力と姿は更に――妖魔・九尾の妖狐へと近付いていく。

完全に意識を失い化け物の姿と成り果てても「サスケを絶対に連れ帰る」という想いを手放さないナルト。その悲しい姿に深く胸を抉られるサクラはヤマトの制止を振り切ってナルトに駆け寄り、傷を負ってしまう。だがその隙をつきヤマトはようやく木遁忍術にて九尾の暴走を止めることに成功するのだった。一方その頃、活動時間の限界を迎え戦線を離脱しようとしていた大蛇丸の前にダンゾウからの伝言を携えたサイが現れ――。

戦闘の混乱に乗じて大蛇丸との接触を無事果たすサイ。大蛇丸は渡された資料の内容からサイを受け入れ、アジトに連れ帰ることを決める。一方、ヤマトによって暴走を止められたナルトだが、その肉体は深刻なダメージを受けていた。己の無力さを噛みしめるサクラの姿にヤマトはサクラのある想いを感じ取る。やがて意識を取り戻したナルトとサクラに、ヤマトはサイの不在を告げ――サイの上司、ダンゾウによる恐るべき陰謀の可能性を語る。

ダンゾウの目的が「大蛇丸と組んでの第二の木ノ葉崩し」と知り戦慄するナルト達。暴走の後遺症が残るナルトの身を案じるサクラだが「大蛇丸相手にチャンスは二度ない」とのヤマトの説得を受け、早速追跡を開始する。しかしサクラの脱落により程なく追跡休止を余儀なくされるカカシ班。実は九尾化したナルトから受けた傷は思いのほかサクラを苦しめていたのだ。一方、分身ヤマトの追尾に気付いた大蛇丸一行は追っ手をまくために、同行のサイを使ったある手段に出るが――。

ヤマトから周辺を破壊しサクラを傷つけた犯人は九尾解放時の自分と知らされ、ショックを受けるナルト。今後九尾の力は木遁で抑えると宣言するヤマトはナルトの持つ本来の力について触れ、九尾に頼らずに自分の力で仲間を取り戻すようナルトを諭す。一方、サイの絵本を見ていたサクラはそこに描かれた奇妙な物語に疑問を抱いていた。内容はサイとサイの「兄さん」についてのものと思われるのだが…。

大蛇丸のアジトにてサスケとの戦慄の対面を果たすサイ。そして以前サイが大蛇丸に渡したリストは火影直轄部隊・暗部の構成員リストである事が知れる。貴重な情報と引き換えに大蛇丸の下についたサイだが、信用が完全なものとなるまでしばらくの間、部屋をあてがわれ軟禁されることに。しかし一人きりになったサイはなぜか周囲を警戒しつつ、謎の冊子を口寄せする…。一方その頃、ヤマトから渡された発信機を飲んだナルト達は、サスケ奪還への決意を新たに、アジトへの潜入を開始していた。

ヤマトの先導によってサイの居所を突き止めるカカシ班。早速ダンソウによる「木ノ葉崩し計画」について問い詰めるが、不思議な事にサイはあっさりと計画の全貌を暴露する。全く悪びれない態度に苛立つナルト達だが、根の者であるサイは「自分は存在しない者」と言い放つ。しかし一連の行動からサイの意識下にある強い思いを感じ取るサクラは、サイに絵本を返却し、その行動に隠された矛盾を指摘するのだった。

いち早く異変に気づいたカブトによる襲撃を受けるカカシ班。不意打ちの形でサイを奪還されてしまうが、サクラに矛盾を指摘されたサイの心にはある変化が生まれていた。戦闘態勢に入ったナルト達を驚かせるサイの驚愕の行動とは――！？そして捕縛したカブトからの情報により、サスケの探索はついに大詰めを迎える。探索の為二手に分かれるカカシ班。走り出すナルトとサクラの胸に、サスケとの懐かしい思い出と別れの記憶が蘇る――。

九尾化のダメージの残る体で懸命にサスケを探し続けるナルト。その不器用で必死な姿はサイの心に兄の記憶を呼び起こさせるものだった。かつての気持ちを思い出し、遂に未完成の見開きを完成させたサイは初めて心の底からの笑顔を見せる。しかし突如として襲い掛かる大蛇丸の襲撃が束の間の平穏を打ち壊す。「サスケ君は必ず助け出す」と約束し、その場をナルトに任せて消えるサイ。しかし駆けつけたヤマトはサイが残した荷物の中に恐るべき真実を発見する。

サイに課せられた本当の任務が「サスケ暗殺」だったと知り、愕然とするカカシ班。サイが見せた笑顔を本物と信じたいナルトだが、芝居の可能性も否定できない。一方その頃、サイはサスケのもとに辿り着いていた。暗殺か救出か…根の者であるサイが選んだ結末とは――！？アジトの一部を崩壊させながら、交戦に突入するサイとサスケ。そしてチャクラの気配を手繰りサイのもとに駆けつけたナルト達は、遂に悲願だったサスケとの再会を果たすのだった。

遂に念願のサスケとの再会を果たしたナルト達。しかしサスケの心は三年の時を経てもまったく変わっていなかった。兄イタチへの復讐を第一の目的に据え、ナルト達とのつながりはすでに断ち切ったと告げるサスケは、容赦なく木ノ葉達に切りかかる。圧倒的な成長を見せ付けられ、徐々に追い込まれていく木ノ葉達。宿主の劣勢を感じ取った九尾は内面世界でナルトに加勢を呼びかけるが、サスケは進化した写輪眼の力で内面世界に侵入。制止を呼びかける、九尾の狐を打ち砕いてしまう。

必死に呼びかけるナルトの思いもむなしく、サスケの復讐への覚悟が翻る事はなかった。これ以上の説得は無意味と判断するヤマトは実力行使でサスケ拘束を試みようとするが、大蛇丸の介入により事態は急激なる終結を迎える。またもサスケを取り戻せなかったという後悔と己の無力さに打ちひしがれるナルトだが、うずくまるナルトの背に優しくも厳しい言葉がかけられる…。大蛇丸の転生までの期限は約半年。ようやく真の結束に辿り着いた新生カカシ班は、胸に刻んだ誓いを新たにする。

砂の里からの緊急通信により、暁による風影誘拐の報せが木ノ葉に届く。一刻を争うと判断した綱手は、早速『暁』に関しての情報をもつカカシ班を砂の里に向かわせる。一方、我愛羅を取り戻すべく暁との戦端を開くカンクロウ。しかし傀儡の仕込みを次々と読まれ苦境に追い込まれる。その敵の正体はカンクロウの傀儡の製作者であり、かつて砂の傀儡部隊の天才造形師と謳われた『赤砂のサソリ』だったのだ――！

一刻を争うカンクロウの病状に手を尽くす砂忍達。しかしそれは毒の専門であるチヨ婆の手にすら余る代物だった。唯一の望みは、医療スペシャリスト・綱手より遣わされた木ノ葉の援軍のみ。しかし肝心のナルト達は、砂嵐により行く手を阻まれてしまう。一方、木ノ葉にてカカシ班の任務の行方を案ずる綱手は最悪の事態を想定し、 任務帰りのガイ班四名を援軍として砂へ走らせる。同じ頃、我愛羅を奪取しアジトに運んだ“暁”達は我愛羅から尾獣を引き剥がすべく 『封印術・幻龍九封尽(げんりゅうきゅうふうじん)』を開始するのだった。

危篤状態のカンクロウの治療を開始するサクラ。修業期間を経、一人前の医療忍者となったサクラは皆が目を見張る鮮やかな手並みで完璧な処置を施していく。初めこそ仇敵である木ノ葉に不信感を募らせていたチヨばあだが、砂の危機に直弟子を遣わす綱手の心遣い、またサクラの懸命な治療に心を打たれ、時代の変化を知るのだった。一命を取り留めたカンクロウは暁追跡への手掛かりを提供。早速カカシは忍犬による追跡を開始する。

危暁のアジトを突き止めるパックン。直ちに我愛羅奪還に発とうとするカカシ班とテマリだが、テマリは里の上役により手薄になっている里の警備を命じられてしまう。代わって名乗りをあげたのはチヨバアだった。四人一組となったナルト達は暁のアジトを目指すが、道すがらチヨバアより『尾獣』の話を聞き、衝撃を受けるナルトとサクラ。一方、その頃パックンは砂へ向かう途中のガイ班の元に辿り付いていた。現在最も暁のアジト近くにいるガイ班は、パックンの案内のもと直接アジトを目指す。だがその動きは既に敵の知る所だった。

かつて敗北を喫した因縁の相手、うちはイタチと遭遇したカカシ班。カカシは瞳術にかけられるのを防ぐ為、写輪眼を見ないよう皆に警告する。イタチ戦を一手に引き受けんとするカカシは、ナルトに後方の援護を要請し、臨戦態勢に突入する。一方、同じく因縁の相手、干柿鬼鮫との戦闘に突入するガイ班。かつてガイに受けた『借り』を返そうとする鬼鮫は、圧倒的なチャクラ量で木ノ葉勢を追い込み、遂にはネジ、リー、テンテンを水牢の術に囲い込む！

教え子三人を水牢の術に捕らえられ、失策を悔いるガイ。次こそ自らの武器で対抗すべく愛用のヌンチャクで鬼鮫に挑む。超体術ＶＳ怪力の激しい肉弾戦になだれ込む両者。テンテンが酸素不足の限界を迎える中、遂にガイは一気に勝負をつけるため禁断の奥義の準備に入る。一方、写輪眼を見ていないのにもかかわらずイタチの幻術に捕らわれてしまったナルト。焦燥にかられるナルトだが、その脳裏を過ぎったのは師・自来也による『幻術対策』の修業の数々だった。

幻術返しが決まらず窮地に陥るナルトを救ったのは、チヨとサクラだった。すかさず反撃に転じるカカシ。イタチ相手にハイレベルな忍者戦を繰り広げ、裏の裏を読む作戦でカカシは天才忍者の本領を発揮。遂にナルトと協力してイタチを仕留めるのだった。一方、鬼鮫相手に苦戦を強いられていたガイだが、大技『朝孔雀』にて鬼鮫を撃破。無事因縁の敵を倒した筈の木ノ葉勢だったが――！？

倒された鬼鮫とイタチは『象転の術』によって姿と能力を模されたまったくの別人だった。これを時間稼ぎと読むチヨバアとカカシは、既に暁は我愛羅から尾獣を引き剥がしにかかっていると推測、焦りをにじませる。状況が把握できないサクラとナルトに『尾獣』とそれを宿す『人柱力』の関係について語り始めるチヨバア。その衝撃の内容に『人柱力』であるナルトの運命を重ね、サクラは思わず一筋の涙を流す。

暁のアジトにたどり着いたカカシ班とガイ班。早速侵入を試みるも、暁の仕掛けた五封結界に行く手を阻まれてしまう。結界解除の方法は、仕掛けられた五枚の札を同時に剥がすことのみ。ネジの白眼で札のありかを探り出し、連係プレイで結界を破壊する木ノ葉勢。だがその動きはすでに暁の知るところだった。洞窟内でナルトが見た衝撃の光景、またガイ班を襲う、予測不能のトラップとは――！？

「五封結界」解除の際のトラップにより、おのれの写し身との戦いを余儀なくされるガイ班。各自の能力をもコピーする精巧な偽物に思わぬ足止めを食わされてしまう。一方、暁のアジトでは「九尾の人柱力」を奪い合うデイダラとサソリが対立していた。我愛羅を攫ってアジトを飛び出すデイダラを怒りに任せて追っていってしまうナルト。必然、後を追わざるを得ないカカシは残るチヨバアとサクラに「無茶をするな」と言い残すが――。

遂に対決の時を迎える祖母と孫。あらわになったサソリ異形におののくサクラに、チヨバアは攻防一体の傀儡『ヒルコ』の説明をする。中にいるサソリ本体を倒すにはまずヒルコを破壊せねばならない。しかしヒルコの持つ毒は猛毒で、かすり傷でさえ致命傷になる。 サソリの複雑な仕込みを読みとっさの状況判断ができるのは、祖母であるチヨバアだけ。その反面、ヒルコを破壊する決定打はサクラしか持ち得ない。明らかになる窮地に、二人が取った秘策とは――？

ヒルコからサソリを引きずり出す事に成功したチヨバアとサクラ。しかし驚いた事にサソリは二十年前と変わらぬ風貌をしていた。 絶句するチヨバアだが、次いでサソリが引き出した第二の傀儡の姿に更に驚嘆する。それは歴代最強と謳われた、三代目風影の人傀儡だった。十年以上前の風影失踪事件の黒幕はサソリだったのだ。 事実を知り、三度までも風影を手にかけた孫への怒りにチヨバアは身を震わせる。 一方その頃、砂隠れではカンクロウとテマリを始めとする忍達がある場所を目指していた。

サソリの策にはまり毒煙を浴びるサクラ。しかしサクラは起爆札を用い、自分ごと毒煙を吹き飛ばすという荒業で窮地を打破する。「自らが傷ついても必ずサソリを捕まえ、大蛇丸の事を吐かせる」と宣言するサクラの猛々しい覚悟はチヨバアの心に大きく響く。サソリの攻撃にさらされるサクラを守るため、チヨバアはこの戦いのためにだけ持ち出した、因縁の傀儡を口寄せする。一方その頃、攫われた我愛羅をデイダラから取り戻すべく、ナルトとカカシは必死の追跡を続けていた。

三代目風影の砂鉄攻撃を怪力で押し返すサクラ。「医療忍者に最も必要な能力は、攻撃に対する回避能力」その信念の元、修業期間中綱手に徹底的に鍛えられたサクラは短時間の戦闘にもかかわらず、早くもサソリの攻撃パターンを見切り始めていた。このままでは時間を食うと判断したサソリは、チャクラ消費を覚悟で広域にて標的を捉える「砂鉄界法」を繰り出す。空間を覆いつくす絶対不可避の砂鉄攻撃は、遂にサクラに毒を伴う手傷を負わせ――！？

隠し玉の解毒薬にて三代目風影を破壊したサクラ。驚愕のチヨバアにサクラは解毒薬の説明をする。毒を無害なタンパク質に変える解毒薬の効果が持続する時間は約三分。チヨバアとサクラは何としても制限時間内にサソリを倒そうと決意する。ここにきてサクラの実力を認めざるをえないサソリは、遂に奥の手のカラクリを披露。――その頃、我愛羅奪還の為デイダラを追うナルトとカカシは標的捕獲の為、ある作戦を立てていた。

人傀儡として己を使うサソリと壮絶な死闘を繰り広げるサクラ達。なんとか制限時間内にサソリを倒すことに成功するが、傀儡であるサソリは再び蘇ってしまう。この戦いを幕引きとする為、チヨバアは己で禁じていたカラクリ「白秘儀・十機近松の集」を口寄せ、対するサソリは「赤秘儀・百機の操演」の構えに入る。解毒剤が切れたサクラも加わり、両勢力は正真正銘、終劇に向けた最後の戦いに突入する。未曾有の傀儡バトルの結果は果たして――！？

身を挺して自分の危機を救ったサクラの為、同じく毒に侵されたチヨバアは迷わず最後の解毒薬を使った。互いを思いやるくノ一達の行動をせせら笑うサソリがチヨバアにとどめを刺そうとした瞬間、チヨバアの最後の反撃がついにサソリを打ち倒す。しかし毒刃を急所に受けたサクラは瀕死の状態だった。もはや医療忍術では救いきれないサクラの命を繋ぎとめたのは、皮肉にもチヨバアがかつてサソリのために開発した禁断の術だった。

遠く、サクラ達の死闘の結末を察するガイ班。しかし未だ己の偽者相手の戦闘は続いていた。時間と共に疲労の色を見せる本体とは逆に、出現時の動きをキープし続ける偽者に追い込まれていくガイ班たち。しかし無線越しにリーが唱えた逆転の秘策が、班員のしぼみかけた闘志に火をつける！一方、我愛羅を攫ったデイダラを追うナルト達。激しい追走の最中でもカカシの新術の準備は着々と進められていた。

毒を受けたチヨバアを支え、ナルトの元に急ぐサクラ。同じく戦闘を終えたガイ班もカカシ班援護のため走り出していた。一方、すべての準備を終え、ついに発動するカカシの「万華鏡写輪眼」。その術は瞳に捕らえられた空間をべつの空間に転送してしまうという脅威の瞳術だった。術を食らったデイダラの隙をつき、ようやく我愛羅奪還に成功するナルト。しかし改めて目にする我愛羅の姿はナルトの怒りに火をつけ、凶暴な感情を呼び起こす。

怒りに理性を吹き飛ばされ、己を失い九尾に支配されゆくナルト。事前に自来也の忠告を受けていたカカシは、すんでのところで九尾の暴走を抑える事に成功する。潜んで成り行きを見守っていたデイダラは、合流してきたサクラ達の様子からサソリの敗北を知るが、時を同じくして駆けつけたガイ班に退路を塞がれる。腕を失い、もはや印を組めぬデイダラは最後の手段として――諸共に死すべく、木ノ葉勢を巻き込んだ自爆を図るのだった。

ナルトの力を借りつつ、我愛羅に転生忍術を施すチヨバア。術の代償を知るサクラは涙をにじませるが、チヨバアはしっかりとした言葉で若き忍達に未来を託す。やがて目覚めた我愛羅が目にしたのはナルト達の他、我愛羅を慕い駆けつけた多くの砂忍たちの姿だった。我愛羅復活の賑わいの中、ひっそりとその命を終えるチヨバア。転生忍術の真実を知ったナルト達は偉大なくノ一チヨバアのために深く黙祷を捧げるのだった。

我愛羅と共に砂隠れに凱旋するナルト達を歓迎する里人たち。しかしナルト達はサソリから得た情報を報告する為、直ぐに木ノ葉に戻る必要があった。チヨの墓参りを済ませ、別れを惜しむ一同。照れるナルトは我愛羅に促され、別れの握手を交わす。一方、森はずれの荒野では暁のゼツと手下トビの前に、満身創痍のデイダラが現れる。デイダラは自爆分身を陽動に逃げおおせていたのだった。さらに木ノ葉では謎の少年サイをカカシ班に潜入させようという動きが――！？